Cuối năm 1899, ông lập lập gia đình với bà Bùi Thị Thân, người làng Thạnh Trị, tổng Thuận Trị, hạt Mỹ Tho (nay thuộc thành phố Mỹ Tho) lúc bấy giờ đang buôn bán tại chợ Mỹ Tho. Ông bà có với nhau 9 người con, gồm:

1. Ngô Thị Ngữ, sinh tại Mỹ Tho, chết 5 ngày sau khi sanh
2. Ngô Thị Hồng, sinh tại Sài Gòn, chết năm 3 tuổi
3. Ngô Thị Yến Ngọc, tức Lợi, sinh năm 1904 tại Tân An
4. Ngô Thị Nguyệt, sinh ngày 27 tháng 5 năm 1906 tại Tân An
5. Ngô Văn Nhựt, sinh ngày 10 tháng 9 năm 1908 tại Tân An
6. Ngô Văn Tinh, sinh ngày 20 tháng 11 năm 1910 tại Tân An
7. Ngô Tường Vân, sinh ngày 1 tháng 9 năm 1913 tại Tân An
8. Ngô Thanh Phong, sinh ngày 15 tháng 11 năm 1915 tại Tân An
9. Ngô Khai Minh, sinh ngày 9 tháng 9 năm 1920 tại Tân An.

Thời gian ông làm việc tại Tân An, ông đã mua một căn nhà tại số 31 đường Lagrange, xã Bình Lập (nay là nhà số 27 đường Phan Đình Phùng, Tân An, Long An) và rước mẹ về ở chung. Riêng cha ông vẫn ở lại Sài Gòn với người vợ kế[23]. Ngôi nhà tại Tân An vẫn còn hầu như nguyên trạng cho đến ngày nay.

Mẹ ông qua đời tại Tân An ngày 15 tháng 11 năm 1919. Cha ông mất khi nào không rõ nhưng ngày 4 tháng 9 năm 1946 hương chức làng Lợi Bình Nhơn, tổng Hưng Long, tỉnh Tân An có chứng thực ông Ngô Văn Xuân chết tại làng này, nhưng không có sổ khai tử tại làng[24]

Bà Thân qua đời ngày 30 tháng 12 năm 1955 tại Tân An.